증권결제원에 계좌를 설정한 계좌설정자간에 위탁 유가증권 범위내에서 그 유가증권의 양수와 양도를 대신해 전표로 계좌간 대체를 하는 업무를 계좌대체라 한다. 계좌대체는 수도결제에 따른 계좌대체와 기타의 사유로 인한 계좌대체로 구분된다. 계좌대체를 하고자 할 때에는 유가증권 계좌대체 청구서를 증권결제원에 제출해야 한다. 다만, 매매거래의 수도결제를 위한 계좌대체를 행하고자 할 때에는 수도결제 시한까지 수도증권에 대한 지불영주증에 날인하여 제출함으로써 대신할 수 있다. 예탁유가증권을 계좌대체하는 경우의 효력발생시기는 타계좌 설정자의 계좌에 그 유가증권의 수량을 기입할때 이를 공유지분이 이전되는 시점으로 보아서 인정하게 된다.