컴퓨터가 미리 설정된 변수와 조건(알고리즘)에 따라 언제 무엇을 어떻게 매매할 것인지를 결정하고 실행하는 매매. 즉 주식시장에서 투자의 판단, 호가의 생성 및 제출 등을 컴퓨터 시스템에서 자동화한 거래로 사람의 개입 없이 자동으로 거래가 이뤄져 빠른 투자 결정이 가능하고 시장상황에 따른 감정개입을 배제한 것이 특징이다. 프로그램 매매는 현물주식시장과 파생상품시장과의 차익거래 또는 대규모 주식바스켓 거래인 비차익거래인 반면 알고리즘 매매는 거래비용을 줄이고 대규모 주문을 분할처리하기 위한 것이라는 점에서 구분된다 2013년 기준 알고리즘 매매가 미국 영국 독일 등 국가별 전체 거래량에서 차지하는 비중은 40~70%에 이른다. 국내 파생상품 시장에서 차지하는 비중이 50%에 육박한다는 분석도 있다. 비용이 덜 들고 주문 속도가 빠르다는 장점 덕분에 ‘컴퓨터 의존도’는 높아지고 사람의 투자 판단은 설 자리를 잃는 추세다.