컴퓨터에 특정 조건을 입력한 뒤 시장 상황이 이 조건에 맞으면 자동 거래되는 시스템을 말한다. 여러 종목을 일시애 대량으로 자동매매하는데 사용된다. 한국거래소에서는 한 사람이 KOSPI200종목 중 15개 이상 종목을 동시에 거래하는 것을 프로그램 매매로 규정하고 있다. 프로그램 매매는 일반적으로 차익거래와 비차익거래로 나뉜다. 차익거래는 현물과 선물의 가격 차이를 이용해 차익을 챙기는 매매다. 선물이 현물보다 비싼 "콘탱고"상태에서는 비싼 선물을 팔고 값싼 현물을 사는 반면 반대의 "백워데이션"상태에서는 선물 매수,현물 매도하는 방식이다. 비차익 거래는 현물주식만 15개 종목을 한번에 매수 또는 매도하는 것이다. 펀드매니저들은 증시 전망을 낙관적으로 볼 때는 손쉽게 "시장을 산다"는 의미에서 프로그램 매수하고 반대로 증시 전망이 부정적일 때는 프로그램 매도를 통해 "시장을 판다"고 한다. 연기금 등 대형투자기관들이 보유 중인 인덱스펀드를 선물에서 현물로 교체할 경우 자주 활용된다. 프로그램 매매의 성패는 순간적인 가격 차이를 빨리 포착하는 데 있었다. 기술자들은 ‘속도’를 끌어올리는 데 힘을 쏟았고, 2000년대 들어 0.001초 만에 주문이 완료되는 시스템이 도입됐다. 프로그램 매매가 ‘초단타매매’로 진화한 것이다.