정자와 난자가 수정된 후 심장 간 폐 등 장기(臟器)로 분화하기 직전 단계의 세포를 일컫는 말. 인체의 모든 조직을 만들어 내는 일종의 모세포로 간세포(幹細胞)라고도 한다. 뼈, 뇌, 근육, 피부 등 모든 신체기관으로 전환할 수 있는 만능세포이다. 줄기세포에는 수정란이 첫 분열을 시작할 때 형성되는 만능 줄기세포와 이 세포들이 계속 분열해 만들어진 포배(胞胚) 내막에 있는 배아 줄기세포 (복수기능줄기세포) 그리고 성숙한 조직과 기관 속에 들어있는 성체줄기세포 (다기능 줄기세포)가 있다. 하지만 배아는 장차 태아로 자랄 수 있다는 점에서 여러 조직이나 장기를 만들 수 있는 줄기세포를 얻기 위해 배아줄기세포를 이용하는 것은 운리적인 문제에 봉착하게 된다. 탯줄이나 태반 외에 탄생 후에도 중추 신경계 등 각종 장기에 남아 성장기까지 장기의 발달과 손상시 재생에 참여하는 세포인 성체 줄기세포는 만능줄기세포나 배아 줄기세포에 비해 윤리적 논쟁은 피할 수 있지만 추출이 어렵고 많은 연구가 이뤄지지 않은 상태다.