목표관리제는 정부로부터 배출량을 할당받고 이를 지키지 못하면 벌금을 내야 하는 직접 규제 성격이다. 반면 배출권거래제는 할당보다 배출량이 많으면 초과분만큼 배출권거래소에서 돈을 주고 사야 하고,할당보다 배출량이 적으면 절약분만큼 내다팔아 이익을 낼 수 있는 시장형 규제다.