특정한 방식의 주문처리를 컴퓨터 알고리즘으로 내재화함으로써 사람의 개입이 없이 주문을 생성하는 방식. 프로그램 매매는 현물주식시장과 파생상품시장과의 차익거래 또는 대규모 주식바스켓 거래인 비차익거래인 반면 알고리즘 매매는 거래비용을 줄이고 대규모 주문을 분할처리하기 위한 것이라는 점에서 구분된다