문제가 있는 부실상장기업들에 대한 퇴출을 강화하기 위한 제도. 상장사가 공시의무 또는 회계처리기준을 위반했거나 횡령, 배임 혐의 등이 발생했을 때 거래소 임원과 변호사, 회계사, 학계 등 각계인사들이 참여하는 '상장폐지 실질심사위원회'를 구성, 실질심사를 통해 상장유지 적격 여부를 결정한다. 실질심사에서 상장 유지에 부적합한 것으로 판정된 후 이의제기가 없으면 해당 법인에 대한 상장 폐지 절차에 들어간다. 정기보고서 미제출, 부도발생, 자본잠식 등 기존 상장폐지 기준에 해당하는 상장사는 실질심사제 도입과 상관없이 기존의 절차대로 상장이 폐지된다. 코스닥시장에서는 2009년 2월부터,유가증권시장에서는2011년 4월부터 시행되고 있다.