이자소득, 배당소득 등의 금융소득을 종합소득에 합산하여 과세하는 제도. 누진세율을 적용하여 부의 재분배를 촉진하고 조세 형평성을 실현하기 위해 마련됐다. 1996년부터 금융실명제의 후속조치로 도입되었으나 1997년 말에 발생한 외환위기 등으로 전면 유보하였다가 2001년 1월 1일부터 다시 실시되었다. 금융소득종합과세는 부부합산하여 연간 금융소득이 4천만원을 초과하는 경우 그 초과분에 대하여 다른 종합소득(부동산, 사업, 근로, 기타 소득)과 합산하여 종합과세하는 것이었으나 2002년 8월 헌법재판소의 위헌판결에 따라 부부합산은 폐지되고 개인별 과세로 변경되었다. 모든 금융소득에 대해 종합과세가 적용되는 것은 아니며 금융소득종합과세 제외되는 금융상품으로는 세금우대저축, 생계형저축, 연금저축(보험)의 적립기간 및 거치기간 발생 이자(배당), 분리과세 채권(만기10년이상), 10년이상 경과된 저축성보험(방카슈랑스 포함)의 차익(수익), 장기보유주식의 배당소득중 일정금액(3천만원이하 비과세, 1억원이하 분리과세) 등이 있다.