병원급 이상(의원 제외)의 의료기관에서 환자가 특정 의사를 선택해 진료받는 제도로 2000년 시행됐다. 선택진료에 들어가는 추가 비용은 건강보험에서 지원하지 않고 환자가 부담해야 한다. 선택진료제 시행 과정 중, 환자나 보호자 등에게 선택진료에 대해 충분히 고지하지 않거나 강요하여 진료비를 증가시킨다는 문제점 발생하기도 한다. 이에 따라 보건복지부는 2008년 7월부터 선택진료를 시행하는 의료기관은 '임상의사'의 20%를 비(非)선택진료의사로 지정해 운영하도록 하는 선택진료제 개선방안을 2007년 12월 11일 발표했다.