약품의 경제성 평가나 약가 결정에 대해 이해당사자가 반발할 때는 정부와는 독립된 기구에 대해 이의신청을 할 수 있다. 2007년 한미FTA협상 중, 미국은 독립적 이의신청기구에 원심을 번복할 수 있는 권한을 부여할 것을 요구했으나 우리측 반대로 받아들여지지 않았다.