미등록가산세는 사업자의 사업자등록 신청의무 불이행에 대하여 기준금액에 일정한 가산세율을 적용하여 산출한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 행정벌적 성격을 가지는 과태료의 일종이다. 미등록가산세가 적용되는 기준금액은 사업개시일로부터 등록신청을 한 날이 속하는 예정신고기간 종료일까지의 공급가액이며 예정신고기간을 경과하여 등록신청을 한 경우에는 당해 신청일이 속하는 과세기간종료일까지의 공급가액이다. 가산세율은 개인인 경우 공급가액의 1/100(과세특례자는 5/1,000), 법인사업자인 경우는 2/100이다. 이러한 미등록가산세가 적용되는 공급가 액에 대해서는 세금계산서에 관련되는 세금계산서 불성실가산세, 세금계산서 지연제출가산세는 적용되지 않는다. 부가가치세법의 적용을 받지않는 부가가치세 면세사업자는 미등록가산세가 없다.