지점장의 재량으로 점포를 자율적으로 운영하는 방식. 지점장이 시장 상황과 지점 여건을 고려해 회원 및 가맹점을 유치하고 이용률·취급고·채권회수 등 각종 영업목표와 조직의 활성화를 위한 사항을 직접 설정해 인원과 예산 등도 자율적으로 편성한다. 자율점포로 선정되면 해당 지점장은 영업·채권 부문의 효율화 방안, 저부가가치 업무폐지 등 사업계획서를 작성, 제출하게 된다.