자국상품에 대해 불리한 대우를 하는 나라의 상품에 대한 보복의 성격을 띤 관세이다. 보복관세는 대개 각국이 국내법에 정하고 있는데, 우리나라도 관세법 제11조에 교역상대국이 우리나라의 수출 물품 등에 대하여 관세 또는 무역에 관한 국제협정 또는 양자간 관세 또는 무역협정 등에 규정된 우리나라의 권익을 부인하거나 제한하는 행위, 기타 우리나라에 대하여 부당 또는 차별적인 조치를 취하는 행위를 함으로써 우리나라의 무역이익이 침해되는 경우에는 그 나라로부터 수입되는 물품에 대하여 피해상당액 범위 안에서 관세를 부과할 수 있다고 규정하고 있다. 그러나 보복관세는 어떤 한 나라를 선정하여 불리한 조치에 대해서 보복적으로 관세를 부과하는 것이므로 보복을 당한 나라가 다시 보복함으로써 관세전쟁을 유발시킬 가능성이 많다. 그리고 GATT(관세무역일반협정)에는 ‘보복관세’란 용어가 없다. 다만 보조금 상계관세와 세이프가드(긴급수입제한조치) 두 가지가 있다.