합병차손은 형식적으로는 합병차익의 반대현상으로서 합병을 함에 있어서 승계하는 소멸회사의 순자산가액보다 그 대가로서 교부한 합병신주가액과 합병교부금의 합계액이 초과되는 경우 그 초과액을 말한다. 합병차손의 발생원인은 몇 가지 유형으로 구분된다. 첫째,합병이 장부가액에 의하여 이루어지고 승계자산의 장부가액과 시가와의 차액을 피합병회사의 주주에게 지급할 경우 합병대가가 장부 상 순자산가액을 초과하게 되어 합병차손이 발생한다. 둘째, 기업가치는 개개 유형자산들만의 합이라고 할 수 없으며 합병대가에는 무형자산에 대한 대가가 포함되어 있을 수 있다. 즉 합병대가를 개개 유형자산들의 시장가액의 합이상으로 지급할 경우 그 차액은 합병차손에서 분리하여 영업권으로 표시하여야 한다. 셋째, 시가와 장부가액과의 차이가 존재하지 않으며 영업권으로 인정할 만한 가치가 없는 경우에도 합병차손이 발생할 수 있다고 한다. 즉 누적결손을 가지고 있고 사업전망도 나쁜 기업을 합병하면서도 상당한 합병대가를 지불할 경우에는 합병차손이 발생하지만이 경우의 합병차손에는 자산성을 인정하기 어려울 것이다.