부동산등기법에 따라, 1개의 부동산 전체가 소멸하거나 존재하지 않는 건물에 대한 등기가 있는 경우에 행해지는 등기를 말한다. 건물의 멸실등기를 신청하는 경우, 소유권의 등기명의인은 신청서에 그 멸실 또는 부존재를 증명하는 건축물대장등본이나 이를 증명할 수 있는 서면을 첨부하여야 한다(제102조). 신청을 받은 등기관은 소유권의 등기명의인 외에 등기상의 이해관계인이 있는 경우에는 그 이해관계인에게 1개월 이내의 기간을 정하여 그 기간까지 이의(異議)를 진술하지 아니하면 멸실등기를 한다는 뜻을 알려야 한다. 단, 신청서에 건물의 멸실 또는 부존재를 증명하는 서면으로서 건축물대장등본을 첨부하거나 등기상 이해관계인의 기명날인이 있는 경우에는 그러하지 아니한다(제111조의2). 부동산의 멸실등기는 등기용지 중 표시란에 멸실의 뜻과 그 원인이나 부존재의 뜻을 적고 부동산의 표시와 표시번호를 붉은 선으로 지운 후 그 등기용지를 폐쇄한다. 그러나, 멸실한 건물이 1동의 건물을 구분한 것인 경우에는 등기용지를 폐쇄하지 않는다(제112조).