부가가치세가 면제되는 재화를 구입하여 매입세액이 없는 경우에도 일정한 요건에 해당하는 때에는 그 매입가액 중에 일정한 매입세액이 포함되어 있는 것으로 간주하여, 계산한 일정액을 매출세액에서 공제하는 세액을 말한다. 원칙적으로 매출세액에서 공제되는 매입세액은 재화·용역을 공급하는 사업자로부터 부가가치세를 거래 징수당한 것으로서 세금계산서를 교부받아 정부에 제출한 것에 한하나, 부가가치세가 면세되는 재화를 공급받음으로써 부가가치세를 거래징수당하지 아니하였더라도 그 공급받은 재화의 가액에는 얼마만큼의 부가가치세가 포함되어 있을 것이라고 의제하여 매입세액으로 공제하도록 하는 것을 의제매입세액 공제제도라고 한다. 부가가치세법은 제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세 면제로 공급받은 농·축·수·임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화가 과세되는 재화일 경우에는 면세농산물 등의 구입가격에 일정한 공제율(105분의 5 또는 103분의 3)에 상당하는 금액을 매입세액에서 공제할 수 있도록 규정하고 있다.