3년 이상 보유한 토지나 건물을 양도할 때 양도차익의 일정 비율을 공제하는 제도다. 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대하여 그 양도소득금액을 산정할 때에 일정액을 공제하여 줌으로써 건전한 부동산의 투자행태 내지 소유행태를 유도하려고 하는 세제상의 장치이다. 장기보유특별공제에 대해 소득세법은 토지와 건물로서 그 보유기간이 3년 이상인 등기된 양도자산에 대하여 3년 이상 5년 미만 보유자산은 당해 자산의 양도차익의 10%를, 5년 이상 10년 미만 보유자산은 당해 자산양도차익의 15%를, 그리고 10년 이상 보유자산은 당해 자산양도차익의 30%(양도소득세가 과세되는 1세대1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 45%)를 당해 자산의 양도차익에서 공제하고 있다. 미등기 양도 자산과 1가구 3주택 이상의 경우 공제에서 제외한다. 2007년부터는 1가구2주택, 비사업용 토지의 경우에도 제외한다.