국민은행과 주택은행의 합병협상과정에서 국민주택기금의 부실문제가 불거졌다. 국민주택기금은 주택건설자금을 지원해 무주택서민의 내집마련을 도와주고 주거수준을 향상시키기 위해 1981년 7월 "주택건설촉진법"에 근거해 만들어졌다. 재원은 제1.2종 국민주택채권이나 주택청약저축,정부출연금 등을 통해 조성된다. 지난 99년말까지 조성총액은 47조3천억여원이다. 기금은 주로 국민주택 건설을 지원하기 위해 대출되고 국민주택을 분양받는 사람에게 융자된다. 대출금의 7.7%에 달하는 2조7천8백억원이 부실화된 것으로 추정된다. 그동안 기금운영을 맡아온 주택은행을 대신할 새로운 위탁기관을 선정할 예정이어서 관련업계의 물밑 움직임이 활발하다.