관세는 분류의 관점 또는 기준에 따라서 여러 가지로 구분된다. 과세기회에 따라 구분하면 일정 관세 영역 안으로 이동할 때 부과하는 수입세, 관세영역 밖으로 이동할 때 부과하는 수출세, 그리고 관세 영역을 지날 때 부과하는 통과세가 있다. 부과하는 목적에 따라 관세를 구분해보면 국고수입의 확보를 목적으로 하는 재정관세와 국내유치산업의 보호 또는 기존 산업에 대한 안정적 국내시장 확보를 목적으로 하는 보호관세가 있다. 또한 관세는 부과되는 근거에 따라 국정관세와 협정관세로 구분하기도 하는데 국정관세는 일국이 자국의 법령에 의해 자율적으로 부과하는 관세로서 기본관세 또는 일반관세라고도 한다. 협정관세(conventional duty)는 외국과의 통상조약 또는 관세조약에 의하여 책정된 세율로 부과하는 관세로 통상 국정관세보다 저율이다.