정부가 설립에 필요한 돈과 평상시 쓰는 예산을 출연 형식으로 지원해 주는 기관을 말한다. 대표적인 기관으로 한국개발연구원(KDI), 대외경제정책연구원(KIEP) 등을 들 수 있다. 이들 기관의 예산은 바로 정부예산으로 편성된다. 정부출연기관은 기업체인 경우는 없고 연구소 연구원 및 그 부설기관인 경우가 대부분이다. 이는 정부투자기관(정부출자 지분이 50% 이상인 공기업)이나 정부출자기관(정부출자 지분이 50% 미만인 기업)이 기업체의 형태를 띠는 점과 다르다. 정부출연기관은 한국개발연구원처럼 개별법에 의해 설립된 것도 있고 정신문화연구원처럼 민법상 재단법인으로 설립된 것도 있다. 개별법이 있는 경우에는 이 법에서 정부의 예산지원을 규정하고 있으며 민법에 의해 설립된 경우에는 특별법으로 육성법(정신문화연구원 육성법 등)을 제정, 이 법에 의해 정부의 예산지원을 받고 있다.